W głębi cmentarza, na jej wschodnim krańcu znajduje się kwatera żołnierzy Wojska Polskiego, poległych we wrześniu 1939 r. Jest to pięć mogił: ppr. Wincentego Górskiego (zginął 20 września 1939 r. w obronie miasta Szubin), Piotra Błachuty (żołnierz kampanii wrześniowej, zmarł 21 marca 1940 r., zmarł na skutek zadanych mu tortur), Jana Romańczuka (jeniec wojenny, zmarł 21 marca 1940 r. na skutek zadanych tortur), Jana Kowalskiego ( jeńca wojennego, zmarł 24 marca 1940 r. na skutek zadanych mu tortur) oraz grób nieznanego żołnierza. W 1940 r. utworzono w Szubinie obóz dla podoficerów, polskich jeńców wojennych z czasów kampanii wrześniowej 1939 r. - Stalag 64. W lipcu 1940 r. część z nich zwolniono do domów, a pozostałych wysłano na roboty do Rzeszy. Jak twierdzą naoczni świadkowie straż obozowa traktowała swoich podopiecznych bardzo brutalnie. Wielu z nich zostało bezpośrednio zamordowanych lub też zmarło na skutek tortur zadanych w obozie.